ปัญหาที่พบบ่อยในระบบบ่อเลี้ยงสัตว์น้ำและแหล่งน้ำ

• การสะสมของสารประกอบไนโตรเจน เช่น แอมโมเนียและไนไตรท์ ซึ่งมีความเป็นพิษสูง ทำให้สัตว์น้ำกินอาหารลดลงและตายเฉียบพลัน
• การเกิดตะกอนอินทรีย์และขี้เลนก้นบ่อเน่าเสีย จากเศษอาหาเหลือและมูลสัตว์สะสม
• กลิ่นเหม็นรุนแรง กลิ่นก๊าซไข่เน่าและแอมโมเนีย ที่ระเหยขึ้นมารบกวนบริเวณฟาร์ม
• คุณภาพน้ำไม่ได้มาตรฐานส่งผลให้คุณภาพสัตว์น้ำที่เลี้ยงเช่น กุ้ง ปลา ไม่ดีเท่าที่ควร
• โรคที่เกิดกับสัตว์น้ำสร้างความเสียหาย และสูญเสียรายได้อย่างมาหาศาล
• น้ำเสียจากฟาร์มสัตว์น้ำ โรงงานอุตสาหกรรม หรือบ้านเรือน ปล่อยลงสู่บึงหรือพื้นที่สาธารณะ ส่งผลให้น้ำเน่าเสียตามแหล่งน้ำธรรมชาติของชุมชน