ผู้ประกอบการที่เลี้ยงกุ้งจะมีปัญหามากกว่าผู้เลี้ยงปลา การเลี้ยงกุ้งจะเลี้ยงได้ยากกว่าการเลี้ยงปลา เหตุเพราะกุ้งจะอ่อนไหวตายง่ายกว่าปลา มีปัญหาเพียงเล็กน้อยกุ้งก็อาจตายได้ การลงทุนเลี้ยงกุ้งนั้นใช้งบประมาณค่อนข้างสูง ซึ่งปัญหาที่พบมากก็หนีไม่พ้นเรื่องน้ำเน่าเสีย เช่นเดียวกับปลา แต่ปลาจะทนทานกว่ากุ้ง ดังนั้นถ้าเกิดน้ำเน่าเสียต้องรีบแก้ไขให้รวดเร็ว ปัญหาน้ำเน่าเสียก็มาจากสาเหตุที่คล้ายๆ กัน คือ อาหารกุ้ง ซึ่งมีบางส่วนที่กุ้งกินไม่หมดแล้วตกลงก้นบ่อ ทำให้เกิดการเน่าเสีย มีผลทำให้น้ำโดยรวมเน่าเสียตามไปด้วย กระทบกับปริมาณออกซิเจนที่กุ้งใช้หายใจ ทำให้การเจริญเติบโตหยุดชะงัก ซึ่งการการระบายน้ำทิ้งจากจาก นากุ้ง ทำให้น้ำเน่าเสีย แหล่งน้ำตื้นเขินและเป็นการแพร่กระจายเชื้อโรคอีกด้วย ทำให้เกิดเป็นปัญหาโรคกุ้ง สร้างความเสียหายให้แก่ผู้ประกอบการเป็นอย่างมาก

***น้ำเน่าเสียในบ่อเลี้ยงกุ้ง เกิดจากจุลินทรีย์อีกกลุ่มหนึ่งเป็นกลุ่มจุลินทรีย์ที่ย่อยสลายไม่สมบูรณ์จึงก่อให้เกิดของเสียเกิดขึ้น ดังนั้นการแก้ไขปัญหาที่ตรงจุดก็คือ การนำจุลินทรีย์กลุ่มที่มีประสิทธิภาพสูงเข้าไปย่อยสลายแทนที่ เพื่อให้ของเสียจากอาหารสัตว์และอื่นๆ ถูกย่อยสลายโดยสมบูรณ์ ดังนั้นน้ำที่เสียอยู่ก็จะกลับกลายเป็นน้ำดี มีออกซิเจนสูงตามปกติ ซึ่งจะมีผลทำให้สุขภาพปลาและกุ้งที่เลี้ยงดีไปด้วย การเจริญเติบโตก็เป็นไปอย่างรวดเร็ว และไม่สร้างมลภาวะให้สิ่งแวดล้อม ไม่มีสารเคมีตกค้างในสัตว์เลี้ยงและพื้นดินในบ่อ ผู้บริโภคกุ้งปลอดภัย***