การประกอบกิจการที่เลี้ยงปลาส่วนใหญ่จะมีปัญหาในเรื่องน้ำในบ่อเลี้ยงปลาเกิดการเน่าเสียเมื่อน้ำเน่าเสียเกิดขึ้น นั่นหมายถึงปริมาณออกซิเจนในน้ำลดลง จนอาจไม่มีออกซิเจนให้ปลาในน้ำหายใจ ซึ่งอาจทำให้ปลาตายยกบ่อได้ง่ายๆภายในไม่กี่วัน ปัญหาการเน่าเสียของน้ำในบ่อเลี้ยงปลา ส่วนใหญ่มาจากการให้อาหารปลาและการถ่ายเทมูลของปลานั่นเอง ถึงแม้อาหารที่ใช้เลี้ยงปลาส่วนมากจะถูกปลากิน แต่จะมีบางส่วนตกลงก้นบ่อและจมลงไปในโคลนก้นบ่อจะมีการทับถมเป็นตะกอนหนาขึ้น ซึ่งเป็นสาเหตุของการเน่าเสียของน้ำขึ้นการระบายน้ำทิ้งจาก บ่อเลี้ยงปลา  ทำให้น้ำเน่าเสีย แหล่งน้ำตื้นเขินและเป็นการแพร่กระจายเชื้อโรค ของเสียจากการเลี้ยงสัตว์ ช่วยเร่งการเจริญเติบโตของแบคทีเรีย (anaerobic bacteria) ที่จะทำให้น้ำเสีย และอีกส่วนหนึ่งเกิดจากความหนาแน่นของปลาที่เลี้ยง ซึ่งส่วนมากจะใช้สารเคมีแก้ไข อันนำไปสู่การตกค้างของสารเคมีไปสู่สิ่งแวดล้อมและผู้บริโภคได้ บ่อเลี้ยงปลามีทั้งประเภททำเป็นอาชีพ คือเลี้ยงปลาเพื่อการพาณิชย์ และเลี้ยงปลาในบริเวณบ้าน เช่นปลาคร้าฟ ปลาสวยงามต่างๆ น้ำเสียก็เกิดขึ้นตลอดเวลา ต้องมีการเติมออกซิเจนและถ่ายเทน้ำเสียบ่อยๆ เพื่อให้ปลามีสุขภาพที่ดี การเก็บน้ำเสียไว้นานๆ ในบ่อเลี้ยงปลาอาจทำให้ปลาติดเชื้อยกบ่อได้