ได้แก่การเลี้ยง หมู ไก่ โค กระบือ บ่อปลา เศษอาหารที่เหลือ และมูลสัตว์ที่ระบายลงสู่แหล่งน้ำ การเลี้ยงสัตว์ส่วนใหญ่มักจัดพื้นที่ให้อยู่ใกล้กับแหล่งน้ำ เพราะสะดวกต่อสัตว์ที่จะดื่มน้ำได้ง่าย แต่ผลเสียที่เกิดขึ้นมีอยู่ด้วยกันสามประการคือ ประการแรกสัตว์จะถ่ายของเสียลงสู่แหล่งน้ำทำให้เกิดการเน่าเสียได้ โดยเฉพาะถ้ามีสัตว์เป็นจำนวนมากแล้วก็คงจะหลีกเลี่ยงไม่ได้ที่จะก่อให้เกิดผลเสียหายมากยิ่งขึ้นตามลำดับ ประการที่สองสัตว์อาจแทะเล็มกินหญ้า จนทำให้ความสามารถในการคลุมดินของหญ้าลดลง การพังทลายของดินก็อาจเกิดขึ้นได้ด้วยอิทธิพลของกระบวนการชะล้าง ทั้งอนุภาคดินและของเสียทั้งหลาย จะเคลื่อนย้ายตัวลงสู่แหล่งน้ำได้โดยตรง ในประการสุดท้ายนั้น การมีสัตว์เข้าไปเลี้ยงในพื้นที่ใดๆ อาจจะมีผลส่งเสริมทำให้เกิดการแพร่ระบาดของเชื้อโรคได้ เพราะสาเหตุของโรคบางชนิดเกิดจากสัตว์เป็นแหล่งแพร่เชื้อ ( host ) เมื่อสัตว์ถ่ายมูลอาจนำเชื้อโรคเข้าสู่แหล่งน้ำ หรือคนรับประทานเนื้อสัตว์ก็จะได้รับเชื้อโรคติดต่อกันไปอีกต่อหนึ่ง

บริเวณที่เลี้ยงสัตว์ สัตว์จะเข้าไปเหยียบย่ำดินทำให้ง่ายต่อการพังทลาย เมื่อสัตว์ถ่ายมูลก็จะเป็นแหล่งเพาะเชื้อแบคทีเรีย เมื่อน้ำชะลงแหล่งน้ำก็จะเสื่อมคุณภาพ พวกเลี้ยงปลา เลี้ยงกบ ก็ถ่ายน้ำเสียไปในแม่น้ำลำคลอง สำหรับมลพิษทางน้ำที่เกิดจากการเลี้ยงสัตว์ เช่น ฟาร์มเลี้ยงสุกร  ส่วนใหญ่เป็นสารอินทรีย์จากมูลสัตว์